Fundacja EFIC prowadzi swoją działalność w oparciu o zintegrowany System Zarządzania, który wspiera realizację misji i celów Fundacji oraz zapewnia spójność działań, odpowiedzialność organizacyjną i ciągłe doskonalenie. System obejmuje działalność statutową i działalność gospodarczą Fundacji, wspierane przez działalność administracyjną. Jego podstawowym mechanizmem realizacji celów są programy i projekty, prowadzone w obszarach działalności eksperckiej, badawczej, szkoleniowej i normalizacyjnej.
System Zarządzania EFIC opiera się na wartościach Fundacji, podejściu procesowym, zarządzaniu wiedzą i ryzykiem oraz zasadzie ciągłego doskonalenia. Jego celem jest zapewnienie wysokiej jakości realizowanych działań, skutecznej realizacji projektów oraz budowanie zaufania partnerów i interesariuszy.
Szczegółowe zasady funkcjonowania Systemu Zarządzania zostały określone w Księdze Systemu Zarządzania EFIC,